ubuntu 安装 conda

ubuntu安装 conda

• 下载地址，访问清华镜像。 windows下载 exe安装文件， linux下载 sh安装文件

https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/archive/

• 执行脚本

sh ./Anaconda3-5.3.1-Linux-x86_64.sh

# 如果报错：bunzip2: not found
apt-get install bzip2

# 然后一路yes

• 刷新当前用户环境（激活环境）

source ~/.bashrc

• 验证安装成功

conda -V

• 添加国内镜像源

conda config --add channels <https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free/>
conda config --add channels <https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/main/>
conda config --add channels <https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge/>
conda config --add channels <https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda/>

# 编辑文件 ~/.pip/pip.conf
cat > ~/.pip/pip.conf

# 文件内容
[global]
index-url = <https://pypi.tuna.tsinghua.edu.cn/simple>
[install]
trusted-host = <https://pypi.tuna.tsinghua.edu.cn>

# 查看已添加镜像源
conda config --get channels

# 恢复默认镜像源
conda config --remove-key channels

# ctrl + D 结束编辑

常用 conda 命令

# 创建环境
# 根据目录名添加环境到默认路径
conda create -n your_env_name python=3.8     
# 指定路径添加环境，需要管理员权限
conda create -p /opt/Anaconda/anaconda3/envs/your_env_name python=3.8     

# 查看环境列表（或者输入conda info --envs也是一样滴）
conda env list

# 删除环境
conda remove -n your_env_name --all
conda env remove -n your_env_name

# 重命名环境（将 --clone 后面的环境重命名成 -n 后面的名字）
conda create -n torch --clone py3      # 将 py3 重命名为 torch

# 创建完成环境之后，系统会提示如何 进入和退出环境，如下
conda activate your_env_name    # 进入环境
conda deactivate                # 退出环境

# 安装/删除库
conda install gatk
conda install gatk=3.7                    # 安装特定的版本:
conda install -n your_env_name gatk           # 将 gatk 安装都 指定your_env_name中
# 如果conda install慢可以考虑先进入指定环境，再用pip安装，例如如下命令
conda activate your_env_name
pip install gatk

# 搜索库
conda search gatk

# 安装完成后，可以用“which 软件名”来查看该软件安装的位置：
which gatk

# 查看已安装的库
conda list
conda list -n your_env_name      # 查看 your_env_name 下的库

# 更新指定库:
conda remove --name your_env_name gatk